Корабите на Звездния флот са разпределени във флотове или групи със специално предназначение . Флотовете, като най-големи по размер бойни подразделения, включват в състава си стотици звездни кораби.
По време на войната с Доминиона в състава на флотовете освен федерационни кораби са включени и голям брой съюзнически клингонски и ромулански кораби. Вследствие на това понякога командването на отделен флот е предоставяно не на офицери от Звездния флот, а на такива служещи във военните сили на останалите съюзници, какъвто е случая с генерал Марток и Девети флот.
Известните флотове на Звездния флот са:
Сред другите известни, по-малки като размер, групи от звездни кораби са:
- Бойна група Омега
- Група разрушители
- Група разрушители 2
- Група разрушители 6
- Галакси-крила
- Галакси крило 9-1
- Галакси крило 9-3
- Седмо тактическо крило
Вижте също[]
- Щурмови флот